喜界島サンゴ礁科学研究所は，国際的にも稀少な隆起サンゴ礁から成り立つ喜界島を拠点として，海洋，地質およびそれに関る生物に関する調査，研究事業を行い，自然科学の発展と普及に寄与することを目的とし、平成２６年に活動をはじめました。
喜界島は北西太平洋および東シナ海に面しており，モンスーンや台風などの現象に大きな影響を受けてきた地域であり，地球規模の海洋環境および気候変動の解明を目指す海洋地質学的研究において重要な位置にあります。喜界島を構成する石灰岩は，古くは約10万年前から造礁性サンゴが絶え間なく生き続けることにより形成された昔のサンゴ礁であり，海水準変動と極めて早い隆起速度により世界でも類い稀なるサンゴ礁段丘の景観を今に残しています。喜界島の隆起サンゴ礁には過去から現在の地球環境変動の記録が詳細に閉じ込められており，これまで多くの国際的なサンゴ礁研究の舞台となってきました。それらの研究を持続的に発展させ，その成果を世界に向けて発信すると共に，人材育成および教育普及を通じて社会に還元していきたいと考えています。
喜界島サンゴ礁科学研究所はサンゴ礁とそれに関わる生物の研究および科学教育の拠点として，喜界島を研究する研究者，科学を振興する市民に研究教育および普及の場を提供し，自然科学の発展と喜界島の経済的，社会的，文化的発展に寄与するために設立されました。サンゴ礁科学を柱にした研究拠点は世界的にも希であり，また，北西太平洋を代表する海洋・環境観測地点として機能させ，地球規模での気候変動解析と未来予測のために必須である一次記録を次世代に残す役割を担う拠点となるよう事業を展開します。さらに，これからの世界を牽引することできる科学者及び教育者の育成，学術試料の収集および管理によって将来の自然科学の持続可能な発展を目指します。
沿革
平成２６年７月８日 任意団体喜界島サンゴ礁科学研究所を設立し、研究調査活動を始める
平成２６年７月 特定非営利活動法人格取得のための勉強会を始める
平成２６年１２月１９日 一般市民向けのサンゴ礁科学セミナーを新たに始める
平成２７年８月１８日 特定非営利活動法人認証申請
平成２７年８月２２日 開所式
平成２７年１０月３１日 特定非営利活動法人認証
令和元年８月３０日 文部科学大臣より科学研究費補助金取扱規定第2条第４項に規定する研究機関に指定
事業内容
① 科学教育・普及事業
② 海洋地質調査研究事業
③ 海洋地質試料の収集および保存事業
④ 喜界島における海洋・環境観測事業
⑤ 喜界島における調査研究への協力事業
⑥ 団体の運営又は活動に関する連絡，助言又は援助の事業
⑦ 販売事業
組織
| 理事長 | 渡邊 剛 （北海道大学） |
| 所長/副理事長 | 山崎 敦子 （九州大学） |
| 理事 | 佐々木 圭一（金沢学院大学）／ 外内 佳奈 ／ 伊地知 告 |
| 監事 | 夏目 淳一 |
| 名誉学術顧問 | 小西 健二 （金沢大学名誉教授） |
| 名誉技術顧問 | 安達 寛 （株式会社ジオアクト） |
| 特別研究員 | 安西 耕 |
スタッフ
| 研究部門 | 駒越 太郎 （研究員） |
| 教育部門 | 佐々木 奏 |
| 広報部門 | 安田 暢子 |
| 普及部門 | 時本 茂花 |
| プロジェクト専任 | 田邉 大智 |
サポーター
| 栄 光里 | 西 美和子 | 藤崎 咲子 | 長浜 千夏 | 納沢 美智子 |
| 伊藤 早織 | 作井 美由紀 |
正会員
| 山野 博哉（国立環境研究所） | 白井 厚太朗（東京大学） |
| 阿部 理（名古屋大学） | 深見 裕伸（宮崎大学） |
| 樋口 富彦（東京大学） | 本郷 宙軌（琉球大学） |
| 清川 昌一（九州大学） | 岨 康輝（海洋研究開発機構） |
| Frederic Sinniger Harii （琉球大学） | 藤井 琢磨（鹿児島大学） |
| 安田 仁奈（宮崎大学） | 磯村 尚子（沖縄工業高等専門学校） |
| 柳 研介 （千葉県立中央博物館分館海の博物館） | 久保 雄広（国立環境研究所） |
| 嶋田 智恵子（秋田大学） | 坂口 綾（筑波大学） |
| 中森 亨（東北大学） | 西村 裕一（北海道大学） |
| 大森 一人（北海道立総合研究機構） | 松田 博貴（熊本大学） |
| Intan Suci Nurhati（LIPI） | 浅海 竜司（琉球大学） |
| 中野 義勝（琉球大学） | 木村 匡（自然環境研究センター） |
| 出羽 尚子（かごしま水族館） | 仁科 健二（北海道立総合研究機構） |
| Hong-Wei Chiang（台湾国立大学） | 北野 裕子（国立環境研究所） |
| 興 克樹（奄美海洋生物研究会） | 田中 健太郎（東京大学） |
| 脇谷 量子郎（中央大学） | Samuel Kahng（Hawai’i Pacific University） |
| 栗原晴子（琉球大学） | 鴨川仁（静岡県立大学） |
| 福田 介人 | 小林 航 |
| 山田 優子 | 村上 光信 |
| 島﨑 達也 | 依田 純一 |
| 米盛 弘幸 | 高坂 嘉孝 |
| 峰山 恵喜光 | 飯田 浩司 |
| 梅原 正敏 | 外内 淳 |
| 杉俣 絋二朗 | 岡崎 弘幸 |
| 日吉美代子 | 井伊和広 |
| 大杉隼平 | 小田健介 |
| カトウアヤ | 富充弘 |
| 木村裕行 |
学生会員
| 北海道大学 14名 | 東京大学 2名 |
| 熊本大学 1名 | Aachen University 1名 |
| University of Hawaii 1名 | その他 2名 |
賛助会員
| 梅澤 有（東京農工大学） | 川西 伸明 |
| 清水 望 | 高宮城 大樹 |
| 鈴木 まゆみ | 乘峯 孝志 |
| 及川 拓也 | 西村 公志 |
| 丸山 泰弘 | 西 美和子 |
団体会員
| 鹿児島県立短期大学 | 株式会社 全笑 |
| 筑紫女学園大学 |
寄付
| 坂口 綾 様 | 狩野 彰広 様 | 北村 晃寿 様 |
| 斉藤 靖二 様 | 大屋 渡 様 | 磯村 尚子 様 |
| 佐野 美月 様 | 石村 豊穂 様 | 浅海 竜司 様 |
| 岩崎 佑子 様 | 基井 宏信 様 | 松田 博貴 様 |
| 田中 佑弥 様 | 鹿島 正紀 様 | 金崎 勝 様 |
研究所認定こども研究員（小・中・高校生）
＊研究所主催のイベント等で認定しています＊
| 喜界町立喜界小学校 21名 | 喜界町立早町小学校 7名 |
| 札幌市立福住小学校 1名 | 千葉市立海浜打瀬小学校 1名 |
| 南さつま市立万世小学校 1名 | 奄美市立小宿小学校 1名 |
| 鹿児島市立吉野東小学校 1名 | 大和村立大和小学校 1名 |
| 鹿児島市立伊敷台小学校 3名 | 世田谷区立東深沢小学校 1名 |
| 徳之島町立山小学校 1名 | 白馬村立白馬北小学校 1名 |
| 成城学園初等学校 1名 | 鹿児島市立東谷山小学校 1名 |
| 鹿児島市立西谷山小学校 1名 | 甲府市立千代田小 1名 |
| LCA国際小学校 1名 | 知名町立田皆小学校 2名 |
| 杵築市立護江小学校 1名 | 板橋区立常盤台小学校 1名 |
| 八王子市立宮上小学校 1名 | 宮崎市立七野小学校 1名 |
| 多摩市立西落合小学校 1名 | 知名町立住吉小学校 1名 |
| 喜界町立喜界中学校 4名 | 大和村市立大和中学校 1名 |
| 小樽市立望洋台中学校 1名 | 鹿児島市立武中学校 1名 |
| 鹿児島市立鴨池中学校 1名 | 奈良教育大学附属中学校 1名 |
| 昭和学院秀英中学校 1名 | 名古屋女子大学中学校 1名 |
| 志學館中等部 1名 | 清泉女学院中学校 1名 |
| 渋谷教育学園幕張中学校 1名 | 秋田大学教育文化学部附属中学校 1名 |
| 鵬翔中学校 1名 | 秋田大学教育文化学部附属中学校 1名 |
| 鹿児島県立喜界高等学校 1名 | 宮崎県立宮崎大宮高等学校 1名 |
| 鹿児島県立鶴丸高等学校 1名 | Nenes Gymnasium Bouhum School 1名 |
| 岩田学園 岩田高等学校 2名 | 神奈川県立横浜緑ヶ丘高等学校 2名 |
| 中央大学附属高等学校 3名 |